在每一个波罗的海国家中,对抗德国占领的强大地下运动一直在进行着。在爱沙尼亚,德国人在发现和逮捕地下组织的许多领袖之后,随即于1944年4、5月间发动了一个反对知识分子和自由职业者阶层的运动。6月22日,&ldo;爱沙尼亚共和国全国委员会&rdo;发出号召,叫大家既抵抗俄国人也抵抗德国人。在拉脱维亚,1943年夏组织了一个&ldo;拉脱维亚地下委员会&rdo;以配合那个国家内的各项活动。1943年12月成立了一个&ldo;解放立陶宛最高秘密委员会&rdo;,它代表着一切&ldo;民主的和战斗的&rdo;组织,但共产党是一个值得注意的例外。立陶宛的地下组织在五十多万立陶宛裔美国人中有牢固的联系,波罗的海国家驻美各使馆所散发的战时出版物表明他们与地下运动有密切联系。&ldo;解放立陶宛最高委员会&rdo;不断地宣称,它正在为建立一个&ldo;遵循大西洋宪章所宣布的民主原则的&rdo;自由独立的立陶宛而战斗。
在1944年2月对纳尔瓦发动的那次攻势之后,波罗的海各国得到了几个月的相对平静。红军&ldo;解放&rdo;波罗的海各共和国的下一步行动直到6月22日才发生,当时苏联突然在中央白俄罗斯战区发动了一个多方密切配合的攻势。德国人遭到了惨重失败;在九个星期中,他们就失去了整个白俄罗斯、立陶宛的三分之二、近半个拉脱维亚和爱沙尼亚的四分之一。7月中旬以前就已有一支俄国军队推进到拉脱维亚东部和爱沙尼亚东南部,同时另一支由巴格拉米扬将军率领的部队则向北推进,穿过立陶宛,进入拉脱维亚南部,象一个楔子似的几乎一直插到了里加湾。到8月26日,战线从塔尔土向南穿过中部拉脱维亚延伸到了雅各布城附近的德维纳河(道格瓦河),在那里同插入在里加西南的巴格拉米扬的楔形阵地连接起来。不过,巴格拉米扬的部队在切断东北面的德军之前,被德国人的反攻所击退。北方的爱沙尼亚战线除纳尔瓦被俄国人攻占外,相对说来比较平静。
当俄国人向前推进时,德国人拚命向波罗的海各国的当地居民发出呼吁,向他们保证将不惜任何代价保住爱沙尼亚并坚守拉脱维亚和立陶宛的余下部分。的确有一些德国增援部队到来,同时,虽然在立陶宛,人们仍然抵制动员,但在爱沙尼亚和拉脱维亚,当地&ldo;自治政府&rdo;首脑为进一步征募兵员和民工而发出的呼吁,取得了一定的成功:据斯堪的纳维亚人士估计,到8月份,已有十四万爱沙尼亚人和七万五千名以上的拉脱维亚人在军队里服役。而且,地下运动的成员也在组织反对俄国人的游击队。在仍然是德国占领的地区,则挤满了难民。德国人封闭了东普鲁士的边界,不准波罗的海各国人民进去,甚至那些重新定居的德国人未经许可也不能通过。地方当局不得不在可怕的伤寒和斑疹伤寒流行的情况下应付难民问题。8月间,数以千计的波罗的海难民纷纷乘船逃往瑞典,其他一些人则开始长途跋涉,奔向东欧其他地区。
在这次立陶宛夏季战役期间,立陶宛人和波兰人之间历来争夺的维尔纽斯的问题又一次被提了出来。随着攻势的进展,苏联报纸明白表示俄国人打算把维尔纽斯交还给立陶宛人,就象他们在1939年干过的那样,这一表态使伦敦的波兰政府大为震怒。斯大林7月13日发布的文告,宣布占领维尔纽斯和&ldo;解放立陶宛苏维埃共和国的首都&rdo;,从而结束了人们的猜测。但是立陶宛人对收复维尔纽斯可能感到的任何欢庆情绪,由于维尔纽斯和考那斯附近发现了纳粹的一些灭绝集中营而被冲淡。在波罗的海地区,有许多这样的灭绝集中营,它们曾是希姆莱为灭绝德国占领下的欧洲犹太人而设立的机构的一部分。
红军攻入波罗的海各共和国的一系列攻势中的第三个行动是在1944年9月19日开始的,当时戈沃罗夫将军指挥下的部队对爱沙尼亚和拉脱维亚发动了一次各兵种协同的攻击。爱沙尼亚的德军阵地阻挡不住这一排山倒海的攻势,斯大林在9月22日发布的文告中宣布攻克塔林。然而,在这个城市被攻下之前,在攻击开始后的三天当中,爱沙尼亚的爱国者发动了一次起义;他们夺取了教堂山和政府大厦,升起了爱沙尼亚国旗,宣布成立以爱国者奥托&iddot;季耶弗为总理的爱沙尼亚全国政府。这个&ldo;政府&rdo;在它发表的正式宣言中命令德国人撤离,同时呼吁俄国人尊重爱沙尼亚的独立。这一插曲于9月22日该城落入红军手中时结束。在9月余下的几天里和10月初,红军正在肃清爱沙尼亚境内的残敌,并攻占了希乌马岛(达耶岛)和萨烈马岛(厄塞尔岛)。里加仍在德国人手中。俄军的高速挺进大大加剧了仍在德国占领下的波罗的海地区的混乱。德国人撤退时采取了&ldo;焦土&rdo;政策,德国军队现已在向南移动,把极大一批波罗的海国家的难民和牲口赶在军队的前头一起南下,所过之处只剩下一片荒芜破坏了的农庄村落。
10月8日,苏军波罗的海战役的第四阶段开始了。红军部队又发动了攻势,目标是把德国人从他们在拉脱维亚和立陶宛剩下的阵地上赶走。斯大林在10月13日发布的文告中终于宣布攻克里加。在这之后,苏联军队向波罗的海海岸一带继续挺进。10月23日,白俄罗斯第三方面军的部队在东普鲁士发动攻击;11月6日的报道说,被切断包围在利巴雅(利鲍)和土库姆之间库尔兰袋形阵地中的三十个德国师正&ldo;遭到歼灭性的打击&rdo;。