由于拓跋珪是在贺氏改嫁给什翼犍之后出生的,所以当时其他国家的人们都以为他是什翼犍的儿子。在这种子不子、孙不孙的尴尬境地里,拓跋珪长到了六岁,当时强大的前秦已经统一了北方的大部分地区,下一个目标正是代国。公元376年10月,前秦的铁骑踏碎了幼年拓跋珪宁静的生活,代国的军队被前秦打得大败,在一片混乱中,什翼犍、贺氏和拓跋珪等王族纷纷逃离家园。但在逃亡的路上,什翼犍的另一个儿子寔君突然发难,他杀死了自己的许多兄弟,又打算向其他人动手。在这个危急时刻,贺氏在贺兰部臣属们的支持下决定先发制人,她把什翼犍抓了起来,以拓跋珪缚父请降的名义向追来的前秦军队申请投降,希望获得他们的保护。
前秦军队很快平定了寔君的叛乱,把什翼犍和一群皇族全都送到长安。苻坚是个非常宽宏大量的君主,他一向极为优待敌国贵族,以至于养虎遗患,最后被他宠信的鲜卑慕容氏把国家搞得七零八落,他自己也死在姚苌的手里。不过现在的苻坚正处于事业的巅峰,他觉得什翼犍是个落后不开化的野蛮人,就让他去长安的太学里去学习礼仪。什翼犍进步很快,苻坚也非常满意,按照他的做法,大概是想等到什翼犍认同前秦的统治方式之后,再让他回去统领代国故地,就能死心塌地为自己效劳。只可惜什翼犍寿命不长,没活到回代北的那一天就在长安去世了。
相比之下,寔君就没有这么好的运气。苻坚对他杀害兄弟们的行为非常鄙视,当即判处他车裂的死刑。拓跋珪也是个无辜的受害者,苻坚认为他缚父请降是一种不孝的行为,就把他和贺氏都流放到蜀地去。虽然先前的一切都是贺氏的决定,一个六岁的孩子根本不可能把国王捆去投降,但这个不孝的罪名却终究是落到年幼的拓跋珪头上了。
重返家园
在什翼犍统治的全盛时期,代国的势力范围曾经北到沙漠,南到阴山和雁门,统领数十万人口。代国灭亡后,苻坚把代国的一些部族人口迁到边界地区,教他们耕种,派官员管辖,又建立了赋税制度,把这些游牧人口都变成了农民。在代国旧臣燕凤的建议下,苻坚把代国故民分成东西两部管理,西边归刘卫辰统领的匈奴铁弗部,东边归刘库仁统领的鲜卑独孤部,让这两个有深仇大恨的部族去相互制约,达到势力均衡。鉴于什翼犍的其他儿子大都被寔君杀死,燕凤又向苻坚提出培养拓跋珪,认为等他长大了以后可以送回代北去做首领,这个建议也得到了苻坚的同意。
于是拓跋珪来到长安,开始了另一段生活。富庶繁华的城市和中原文明给了幼年的拓跋珪深刻的印象,后来当他建立国家,在平城营建首都时,还兴致勃勃地亲自参加规划,想要把新的国都修得像长安、洛阳、邺城一样宏伟壮丽。
这种流落异乡的日子过了几年,改变拓跋珪命运的淝水之战发生了。接连不断的胜利是对君主最大的考验,苻坚统一北方的道路走得太一帆风顺,他开始变得头脑发昏,不听皇族和大臣们的劝告,执意要和东晋决战,统一整个中国。在他看来,南方的大好江山已经成了自己的囊中之物,他甚至已经预先在长安给东晋的王侯贵族们修起了官邸。
但苻坚过于小看了自己的对手。南渡之后的东晋依然有一定的国力和许多才能出众的英雄人物。在公元383年的淝水之战中,粗心大意的前秦军队被谢安指挥的东晋军队杀得大败。前线与后方一片动乱,贺氏与拓跋珪母子趁机随着寄居长安的前燕贵族慕容垂前往北方的中山,准备重新踏上代北的故土。慕容垂的姑母也是拓跋珪的祖母,这种亲属关系为他们日后的合作提供了基础。
贺氏和儿子们先来到了独孤部。刘库仁看到这几个先王遗孤经过中原文明的熏陶,尤其拓跋珪又是如此沉着稳健,认为他将来一定会把祖先的基业发扬光大。但一段日子之后,独孤部发生内乱,刘库仁的儿子刘显成了新首领。刘显是个颇有雄心壮志的人,他想恢复当年部落联盟的规模,并成为新的盟主。但独孤部毕竟只是当年的联盟成员之一,昔日的君主什翼犍的后人们还在,最年长的拓跋珪已经十五岁了,王族的余威仍然影响着人们,这几个少年比刘显更有资格成为联盟的新首领,他们与生俱来的显赫出身就是对刘显最大的威胁。
为了扫清障碍,刘显打算除掉拓跋珪兄弟,但拓跋珪的姑母正是刘显的弟媳,她把消息泄露给了贺氏。这天晚上,贺氏想办法放走了拓跋兄弟,又把刘显灌得酩酊大醉。到天亮时分,她大哭起来,说自己的儿子们全都不见了,责问究竟是谁杀了他们。刘显被闹糊涂了,也没想到要派人去追,等到他明白过来,拓跋兄弟已经逃到了贺兰部。刘显气得发疯,一定要杀了贺氏,多亏他弟弟全家人拼命相救,贺氏才免于一死,后来终于找了个机会逃回贺兰部。
同是在这一年里,苻坚被姚苌杀死的消息传来,曾经强大的前秦政权已经分崩离析,臣服于他们的势力和部族也趁机脱离统治,中国北方又陷入了混乱状态,这恰好给拓跋珪创造了机会。拓跋珪建国
当拓跋珪来到贺兰部之后,许多以前的部族首领也陆续赶来投奔他们。这些人都是什翼犍在世时部落联盟的成员,其中一些还是从刘显处投奔到这里来的。公元386年正月,鲜卑联盟重新建立,各部落在今内蒙古呼和浩特附近的牛川召开大会,推立拓跋珪为代王。过了不久,拓跋珪改国号为魏,自称魏王,建元登国,建都盛乐,这就是历史上的北魏。这个国号来源于战国七雄之一的魏国和三国时代的曹魏,拓跋珪选择这么一个国号,正体现了他的雄心大志,这位年轻的游牧民族领袖已经有入主中原的打算了。