阿尔普&iddot;阿尔斯兰之子、继承者苏丹马立克沙赫(1072-1092年在位)在其父去世时年仅17岁。他的第一次战争是对付河中哈拉汗朝的统治者沙姆斯&iddot;乌尔&iddot;莫尔克,沙姆斯趁塞尔柱克帝国统治者易人之机入侵呼罗珊东部,占领巴尔赫。当马立克沙赫逼近撒马尔罕时,哈拉汗朝统治者要求和谈,并成为马立克沙赫的属臣。马立克沙赫犯了一个乌古思人常犯的错误,他把巴尔赫交给他的弟弟塔卡什,塔卡什到适当的时候便起来反叛马立克沙赫。苏丹被迫发动了两次远征讨伐他,最后,他派人把弟弟的眼睛挖掉(1084年)。马立克沙赫的叔叔喀乌德也在起儿漫起兵反叛,马立克沙赫也对他发动了战争,打败并绞死了他(1078年)。
这些事件表明,尽管有莫尔克的英明管理,然而,马立克沙赫在引导以他为军事首领的乌古思部落去接受一个以他为苏丹的阿拉伯-波斯国家的体制的过程中碰到了很多困难。莫尔克和波斯的官僚机构都力求使土库曼部落联盟的作用降到以往突厥卫队(即在原哈里发和布威朝埃米尔统治之下的10世纪的马木路克)的范围内,然而,要使新苏丹的不安分的同胞们服从命令和要使这些野蛮的游牧民固着于土地上都是十分棘手的任务。要把塞尔柱克帝国的冒险置于一个固定的基础之上,以及把波斯人的定居生活方式强加于这些以往的游牧民,由此使塞尔柱克帝国成为传统式的波斯帝国,在这件事上,只有苏丹一人与莫尔克的看法一致。在马立克沙赫的都城伊斯法罕的豪华宫廷中,马立克沙赫本人就乐于表面上仍延续古代伊朗沙赫们的世系。
正如我们已经看到的,在东北方,为了反对哈拉汗朝,马立克沙赫第二次远征河中,攻击沙姆斯&iddot;乌尔&iddot;莫尔克的侄儿、继承者阿黑马德(108年)。他监禁了阿黑马德,但是后来又把他作为自己的属臣派往撒马尔罕。在西方,也是在马立克沙赫统治时期,他的堂兄弟塞尔柱克幼支苏里曼&iddot;伊本&iddot;库吐米施不受他的控制,约于1081年在小亚细亚的尼西亚驻扎下来,这对拜占庭人很不利,他们在内战中却轻率地向苏里曼求援。这是塞尔柱克的罗姆苏丹国的起源,罗姆苏丹国存在的时间是1081年至1302年,它先后以尼西亚(1081-1097年)和伊康(1097-1302年)为都。
塞尔柱克国作为一个定居政权只控制了波斯。在小亚细亚(小亚细亚于1080年已经遭到入侵)的原拜占庭疆域内,独立的古兹部落联盟在那里很活跃。他们或者是由像苏里曼那样的塞尔柱克幼支统率着,或者是由来历不明的突厥酋长统率着。正像卡帕多细亚的丹尼什门德王朝的埃米尔们一样,他们显然是从1084年起开始统治着锡瓦斯和凯撒里亚的。随着这些流浪部落的不断移动,上述古文明地区以吉尔吉斯草原上的方式被分割了。正如巴托尔德在总结这些事件时正确地指出的那样:&ot;古兹或土库曼人的行为,部分像独立的匪徒,部分是在其诸王(塞尔柱克人)的统率下进行的,他们的足迹遍布从中国的突厥斯坦到埃及和拜占庭边境之间的所有国家。&ot;巴托尔德又补充道,为了避开&ot;他们流浪的兄弟们&ot;(还没有组织起来的古兹部落),防止他们蹂躏富饶的伊朗领土,塞尔柱克苏丹显然是选择把他们安置在苏丹国边境的小亚细亚一带。这一事实解释了为什么波斯本土避开了突厥化而安纳托利亚却成了第二个突厥斯坦。
酋长们为获得战利品而战。苏里曼&iddot;伊本&iddot;库吐米施占领了小亚细亚的大片地区之后,袭击了叙利亚(1086年)。他在叙利亚与马立克沙赫的弟弟突吐施发生冲突,突吐施于1079年在大马士革为自己辟有一块封地。双方在阿勒颇附近为夺取该城打了一大仗。苏里曼被杀,突吐施将阿勒颇并入大马士革(1086年)。同年,正当突吐施在阿勒颇筹建一个独立的塞尔柱克王国时,他的哥哥、苏丹马立克沙赫出现在叙利亚,他强迫突吐施退回大马士革,并在阿勒颇举行了觐见礼,对他的酋长们的封地作了全面的重新分配(1087年)。
总的来说,马立克沙赫像其先辈们一样,一生致力于使突厥对西部领土的征服合法化。这种征服往往采取以下形式,即一小股乌古思人群进入叙利亚周围的鄂克里德朝(或称法提玛朝)境内,或者是进入小亚细亚的希腊境内--就好像是在他们游牧的迁徙中碰巧使他们进入这些地区一样;或者是利用拜占庭帝国或阿拉伯帝国的内乱,采取入侵的形式。在波斯,统一局面得以维持完全是由于莫尔克宰相实行的阿拉伯-波斯的行政管理,在东方和叙利亚,仅仅是由于马立克沙赫的黩武政治。在小亚细亚,则二者都鞭长莫及,乌古思人的无政府状况盛行。
当马立克沙赫于1092年去世时(他的大臣莫尔克在他之前就去世了),各地处于无政府状态。马立克沙赫的长子巴尔基雅鲁克(1093-1104年)面临所有亲属的反叛。在此期间,他的叔叔突吐施已经把阿勒颇并入大马士革领地,并且企图从他的手中夺取波斯,但是,突吐施于1095年2月26日在刺夷附近兵败被杀。巴尔基雅鲁克统治的余下时期是在对付他自己的兄弟们的各次战争中度过的,最后他被迫与他们瓜分了波斯。从此,塞尔柱克领地以分裂为三部分的状况长期存在:波斯的苏丹国归巴尔基雅鲁克及其兄弟们;阿勒颇和大马士革的王国归突吐施的儿子们;小亚细亚苏丹国归苏里曼的儿子凯佐尔&iddot;阿尔斯兰。