当时,明神宗倦于临朝,整个国家缺乏一个强有力的权力中心,这一形势使得朝野上下的派别纷争愈演愈烈。所谓浙党,是指当朝的王锡爵、沈一贯和方从哲等人。他们先后执掌内阁,党同伐异,排斥政敌。于是,一些与&ldo;浙党&rdo;不和的士大夫逐渐聚集在顾宪成的周围,与当政的浙党相抗争。发展到后来,朝中的其他官僚也纷纷卷入门户党争的漩涡之中。他们或投靠浙党,或依附于东林党。譬如,当时的&ldo;秦党&rdo;(主要是些陕西籍的官僚),就与东林党人的政见颇相吻合;而籍隶山东、湖广和皖南宣城、徽州一带的不少官僚,则大多依附于浙党,史称&ldo;齐党&rdo;、&ldo;楚党&rdo;和&ldo;宣党&rdo;。其中,宣党首领汤宾尹是宣城人,昆党首领顾天峻是昆山人,其他各党皆各以乡里命名。东林党人与浙、齐、楚、宣诸党势不两立,相互倾轧,互不妥协,从而形成了万历中后期激烈的党争。及至天启年间,面对宦官魏忠贤专权局势的日趋形成,东林党人奋起弹劾,不仅激化了阉党与东林党人的矛盾,而且还使得万历以来的党争形势更趋复杂、混乱。魏忠贤纠集先前反对东林党人的势力,屡兴大狱,不遗余力地打击东林党人。著名的东林党人杨涟、左光斗等,皆因弹劾魏忠贤而被逮捕,并与黄尊素、周顺昌等人一起被残酷杀害。魏忠贤还嗾使党羽编写《三朝要典》及《东林点将录》等文件,力图将东林党人一网打尽。天启七年(1627年),思宗(崇祯皇帝)即位之初,就逮治魏忠贤,将大批阉党定为逆案而分别治罪,并重新召用了一些有声望的东林党人。然而,崇祯二年(1629年)以后,魏忠贤余党温体仁的入阁,使得阉党势力死灰复燃,他们与东林党之间的门户之争再度激化,对立的双方交章弹劾,政争不已,此种局面一直持续到了明朝灭亡。
从总体上看,东林党人坚持正统的儒家伦理思想,主张严格遵守真正的道德规范。特别是在早期,他们往往以标榜个人品质的正直廉洁而闻名天下。东林党的代表人物顾宪成就曾主张,作为一个正人君子,在朝为官必须一心一意为君父着想;在地方做官,就必须关心百姓的日用民生;而闲居水边林下,则应当志在世道。这些话成为当时的&ldo;士林标准&rdo;,为许多人所躬行实践。于是,东林党人往往不畏强权,为民请命,大胆弹劾朝中权贵,抨击肆虐无忌的宦官,甚至冒犯天颜,公然对皇帝的权威提出挑战。特别是在野的士大夫,常常通过&ldo;清议&rdo;的方式,直言不讳地批评朝政弊端。明神宗朱翊钧虽然倦于临朝,但却极为贪婪。从万历二十四年(1596年)起,他先后向全国派出了大批宦官充当矿监税使,对各地商民肆意搜刮。这些大大小小的宦官,或专管税务;或监督开矿;或强征店税,或兼采珍宝。他们召募当地的流氓无赖充当打手,打着朝廷的幌子,狐假虎威,嚣张跋扈,极大地加重了民间的苦难。对此,东林党人仗义执言,挺身而出加以抗争。例如,凤阳巡抚李三才,就曾上疏指责矿监税使的四出聚敛,甚至直言不讳地指斥明神宗:陛下宝爱珠玉,百姓也想温饱;陛下爱护子孙,百姓亦爱恋妻儿。何以陛下要拼命地聚敛财宝,却不让百姓满足升斗之需呢?为什么陛下要延福万年,却不让百姓享受朝夕之欢呢?
他坚决要求神宗罢除天下的矿税。东林党人还经常提倡体恤商贾铺行,反对官府的横征强买。在反对矿监税使的活动中,尽管有不少东林党人因此被削职罢官,逮捕问罪,甚至被迫自杀,但他们仍然是前赴后继,在所不辞。
除了反对加派矿税和对工商业的摧残之外,东林党人还致力于反对后妃干政和宦官专权。万历末年及泰昌、天启初年,接连发生了&ldo;梃击&rdo;、&ldo;红丸&rdo;和&ldo;移宫&rdo;三案。&ldo;梃击案&rdo;发生于万历四十三年(1615年)五月初四日酉刻‐‐一名叫张差的男子手执枣木梃闯入皇太子居住的慈庆宫门,击伤守门内侍李鉴,一直打到前殿檐下,才被内侍韩本用等人擒获。据查,该男子与郑贵妃宫中太监有所牵连,故而一般认为那是企图谋害当时还是皇太子的朱常洛。万历四十八年(1620年),明神宗去世,皇太子朱常洛即位,是为&ldo;光宗&rdo;,改元&ldo;泰昌&rdo;。光宗沉湎于女色,不到一个月就一病不起。由于郑贵妃曾向光宗进献美女,并据说指使了中官崔文升进食泄药,故而被认为有谋害光宗的嫌疑。光宗病危后,鸿胪寺丞李可灼又进红色药丸二粒,光宗吃了之后,第二天便一命呜呼,当时称为&ldo;红丸案&rdo;。光宗死后,为了反对先朝妃嫔挟持幼帝,杨涟、左光斗等人迫使先前与光宗同居乾清宫的李选侍移居哕鸾宫,史称&ldo;移宫案&rdo;。东林党人以维护皇权的面目出现,坚决反对郑贵妃、李选侍干政,公开抨击危害皇太子、皇帝的行为,主张严厉追查三案的当事人及其幕后操纵者。天启以后,魏忠贤阉党专政,杨涟、左光斗等人上疏弹劾魏忠贤,表现出不畏强暴、刚直不阿的英雄气概,遭到魏忠贤的陷害和镇压。随着阉党势力的恶性膨胀,东林党人遭受到了自万历中叶以来最为沉重的打击,他们或被酷杀;或不得不自杀;或惨遭禁锢;或放逐罢免。
鉴于晚明时期吏治的严重腐败,东林党人还在京察、大计中力图澄清吏治。不过,由于党争利益的需要,东林党人的政治主张往往与他们攻击异己的动机纠缠在一起。