阵雨过后,护航航空母舰失去了保护,有几艘中弹。&ldo;冈比亚湾号&rdo;伤势最重,大火熊熊燃烧,主机停伡,使它滞后掉队。剩下的驱逐舰还没来得及进行援救,它就倾覆沉没了。&ldo;卡里宁湾号&rdo;被命中16次,斯普拉格写道:
舰上的一位军官后来告诉我,敌人的炮弹把甲板下面变成了一座屠宰场。仅仅是由于舰员们英勇奋斗,才使这艘小小的护航航空母舰继续保持着速度。帆缆军士长带人在5英尺深的水里堵住了舰体上的几个大洞;机电兵在齐膝的油中坚持工作,烧焦的橡胶味闷得人们透不过气来,操舵军士站在被火烧得发烫的甲板上,用下面的应急驾驶盘操舰达几个小时;人人都冒着生命危险,抢救那些倒在血泊里或仍在燃烧的舱室里的同伴。
哈尔西和第3舰队的主力在哪里?大约在日舰炮手轰击护航航空母舰的时候,在吕宋岛东北端恩加诺角以东大约200海里海域,第38特混舰队发现了小泽海军中将的航空母舰,并实施了6次攻击中的第一次攻击。美国飞机很快甩掉了从日本4艘航空母舰上起飞的几架飞机,但敌舰高射炮火猛烈。&ldo;千岁号&rdo;轻型航空母舰沉没,旗舰&ldo;瑞鹤号&rdo;航空母舰中了一条鱼雷,受伤很重,小泽不得不把他的将旗转移到了一艘巡洋舰上。这次攻击,&ldo;瑞凤号&rdo;航空母舰也受了伤。日军唯一完好无损的航空母舰&ldo;千代田号&rdo;,遭到了美军第二波飞机的攻击,失去了战斗力。
第三次攻击时,&ldo;瑞鹤号&rdo;又中了3条鱼雷,这艘袭击珍珠港的日本航空母舰部队中的最后一艘航空母舰倾覆沉没了。第四次打击集中攻击受伤的&ldo;瑞凤号&rdo;,不一会,它也在海面消失了。这一天的最后两次攻击,只给落荒而逃的日本舰队造成轻微损害,但第38特混舰队已经击沉了3艘航空母舰,并击伤了第四艘。哈尔西尾随小泽舰队,穷追不舍,希望让自己的战列舰赶上残余的日舰。此时,在南边250海里处,金凯德为了对付栗田的舰队,正用无线电向哈尔西紧急求援。
在珍珠港坐镇的尼米兹海军上将心急如焚,密切注视着战局。他向哈尔西拍了一份电报,同时抄送给华盛顿的金海军上将和盼望哈尔西消息的金凯德。通信官把电报译成密码后,为了迷惑敌人的密码员,加上了常用的混码,用了&ldo;今古奇观&rdo;这几个字。哈尔西的旗舰&ldo;新泽西号&rdo;上的译电员接到电报时,认为最后这几个字也是电文的一部分,于是译成了下面的话,火速送到海军上将的手里:&ldo;为何没有报告?第34特混舰队在哪里?今古奇观。&rdo;
哈尔西读罢电报,很恼火。他后来写道:&ldo;我好象重重地挨了一记耳光,被打的晕头转向。电报在我手上唰唰直响。我抓下帽子,摔到了甲板上。&rdo;哈尔西认为这份电报是来自尼米兹的公开侮辱,在无可奈何地率领特混舰队主力南下时,他足足磨蹭了一个钟头,说他正为自己的军舰加油。哈尔西说,他距小泽的残余舰队只有42海里远,后来还声明,这次战斗他犯的最大错误,是&ldo;屈从了压力,率师南下。&rdo;这时,要抓住栗田的舰队无论如何都为时太晚了。栗田担心美国人已有时间集中兵力攻击他,于是停止了对&ldo;威尔士人第3大队&rdo;的追击,从圣贝纳迪诺海峡撤走了。
然而,战斗并未结束。尽管哈尔西率领特混舰队主力南下,但他仍然留下一支巡洋舰和驱逐舰部队追击小泽蹒跚而行的舰只。这支部队在接到命令停止追击前,击沉了日本剩下的&ldo;千代田号&rdo;航空母舰和一艘驱逐舰。栗田匆匆撤走后,首次出战的神风队飞机进行了这天的最后一次攻击。最南边的护航航空母舰大队(威尔士人第1大队)首当其冲,一架零式飞机撞毁在&ldo;桑提号&rdo;上,&ldo;桑提号&rdo;起火。烈火刚刚扑灭,这时,它又中了一条日本潜艇发射的鱼雷。但是,由于它的卓越设计和舰员们的非凡努力,它没有沉没。&ldo;苏万尼号&rdo;被直接命中,也幸免于难。&ldo;威尔士人第3大队&rdo;的&ldo;圣洛号&rdo;没有交上这般好运。它遭到了一架自杀飞机的攻击,飞机撞穿了飞行甲板,在炸弹和鱼雷库里爆炸,使它成了神风队飞机击沉的第一艘军舰。
莱特湾海战就这样结束了。事实上,它是在远离湾外的海域进行的四场单独战斗。日本人损失了4艘航空母舰、3艘战列舰、9艘巡洋舰和10艘驱逐舰,总吨位超过了日德兰海战(第一次世界大战中最大的一次海战)作战双方损失吨位的总和。
1945年初,斯普鲁恩斯海军上将接替了哈尔西,第3舰队又重新改名为第5舰队。第58特混舰队的16艘快速航空母舰在日本周围建立了一条弧形包围圈,从冲绳到台湾岛,这些航空母舰随意游弋。对日本本土总攻击的第一步,是由海军陆战队夺取硫黄岛。这个小岛位于塞班岛和东京之间,将用作美军战斗机和轰炸日本城市的b-29轰炸机的前进基地。为了防止敌军的干扰,米切尔将军向东京附近的机场发动了一次攻击,击落敌机大约340架,另有190架在地面上被击毁。
与此同时,皇家海军在印度洋上继续展开攻势。地中海上取得的胜利和&ldo;提尔皮兹号&rdo;战列舰威胁的解除,使英国海军部能够派出航空母舰&ldo;光辉号&rdo;、&ldo;胜利号&rdo;,其后又有&ldo;无敌号&rdo;来加入远东舰队。一支由英国和美国制造的飞机组成的混合编队从这些航空母舰上起飞,袭击了孟加拉湾和东印度群岛上的目标,对美军在太平洋上的作战起到了牵制日军的作用。为了攻击苏门答腊北端沙璜岛上的港口和爪哇岛泗水的炼油厂,&ldo;萨拉托加号&rdo;曾临时配合作战。美军在菲律宾登陆期间,&ldo;无敌号&rdo;和&ldo;胜利号&rdo;航空母舰在1艘战列巡洋舰、4艘巡洋舰和10艘驱逐舰配合下,对孟加拉湾内的尼科巴群岛展开了连续不断的进攻。这是英国航空母舰第一次进行这样的持久作战。